Bartoszyce są miastem położonym na północnej części województwa warmińsko-mazurskiego po obu stronach rzeki Łyny. Teren ten pierwotnie zamieszkany był przez pruskie plemię Bartów. Pierwsza drewniana strażnica krzyżacka wzniesiona była w tym miejscu już w 1240 r. Właściwy zamek zbudował w latach 1274 – 1326 r. komtur Dytrych von Altenburg, który też w 1326 roku nadał miejscowości przywilej lokacyjny i nazwę Rosenthal. Od początku miastu przeznaczono poważną rolę gospodarczą i rozplanowano je na rozległym obszarze przekraczającym wielkość innych miast w Prusach. Miasto przez długie lata rozwijało się szybko dzięki uprzywilejowanemu położeniu w pobliżu rzeki Łyny oraz szlaków handlowych, które prowadziły z Królewca na Warmię.
Szybki rozwój miasta i rosnąca zamożność jego mieszkańców zyskały odbicie w budownictwie, przede wszystkim sakralnym. W średniowieczu wzniesiono w Bartoszycach cztery kościoły. Pierwszym z nich, był kościół farny. Budowa kościoła przebiegała wieloetapowo. W tym samym roku, w którym nadano miastu przywilej lokacyjny, powstała pierwsza świątynia. Na jej miejscu i z wykorzystaniem jej murów, w roku 1332 zaczęto budowę właściwej budowli. Pierwsza pisana wzmianka o budowli pochodzi z roku 1345. Koncepcję wyglądu świątyni zmieniono jeszcze podczas budowy w latach 1360–1380 i przemodelowano ją na trójnawową, posiadającą chór, wysoką bazylikę. W XV-XVII kościół zachowując swój główny korpus w niezmienionej formie, jednak poprzez dobudowywanie różnych kaplic zmieniał swoją sylwetkę. Wybudowano m.in. kaplicę Świętej Marii Dziewicy, czy kaplicę Św. Anny. W latach 1519–1521, do prezbiterium dobudowano kaplicę ufundowaną przez biskupa warmińskiego. Natomiast przylegającą do niej, od strony wschodniej, inną kaplicę ufundował w 1624 bartoszycki aptekarz Adam Retting.
W 1487 roku kościół konsekrowano po raz drugi, a od 1525 roku służył ewangelickiej społeczności miasta, która przez kolejne kilka wieków stanowiła zdecydowaną większość mieszkańców Bartoszyc. W 1558 r. wnętrze kościoła pobielono. Chciano również naprawić organy. Kiedy jednak sprzęt okazał się bezużyteczny, wówczas podjęto budowę nowych organów. Nowe organy ukończono w latach 1649 – 1653. W 1678. sprowadzono z Królewca okazały manierystyczny ołtarz główny. Wystrój dopełniały bogato zdobione sprzęty – ławki, empory, czy liczne obrazy.
W XVII wieku wybudowano kolejną kondygnację wieży, podwyższonej ostatecznie w 1732 roku. Pod koniec XIX wieku wybudowano neogotycką kruchtę przy nawie północnej oraz wykonano naprawy elewacji zewnętrznych. W 1927 r. kościół pokryto nowym dachem. Niedługo po tym wyremontowano organy, którym groziło całkowite zniszczenie z powodu wprowadzenia ogrzewania na ciepłe powietrze. Podczas II wojny światowej szkody poniósł cały obiekt, lecz najbardziej zniszczone zostały gwiaździste sklepienie, ołtarz oraz organy, czy malowane wizerunki czterech ewangelistów.
Po wojnie liczne pozostałości bogatego wyposażenia kościelnych wnętrz, jak rozbite elementy zabytkowej nastawy ołtarzowej, trafiły do zbiorów Muzeum Warmii i Mazur w Olsztynie, gdzie wciąż są rekonstruowane i w miarę możliwości udostępniane na wystawach. Dzięki zachowanej bogatej dokumentacji historycznej oraz licznym fotografiom i przekazom, w latach 1946–1958 przeprowadzono odbudowę oraz modernizację budowli. Konsekracja świątyni odbyła się 25 października 1959 r., jednak prace wykończeniowe prowadzono dalej. W 1962 r. zamontowano organy. W 1964 r. położono nową posadzkę. Jednocześnie gromadzono wyposażenie – m.in. ławki, czy prowizoryczne ołtarze. Po oddaniu kościoła do użytku, w latach 50. XX w., zaadaptowano go ponownie na świątynię katolicką.
Dopiero 8 września 1974 r. utworzono osobną parafię pod zmienionym wezwaniem Św. Jana Ewangelisty i MB Częstochowskiej, ponieważ po wojnie kościół podlegał parafii p.w. Św. Brunona. W latach 2014–2018 przeprowadzono remonty dachów, prace konserwatorskie elewacji kruchty północnej, następnie wszystkich pozostałych elewacji kościoła, jak również wnętrz empory wschodniej i przyległego aneksu klatki schodowej oraz kruchty północnej. W 2019 r. wymieniono instalację elektryczną, prócz tego zamontowano nowy system nagłośnieniowy.
Obecnie zarówno sam budynek kościoła, jak i plebania oraz otoczenie są dobrze zachowane i znajdują się w bardzo dobrym stanie.
